Nace como centro de retiros y formación teológica, con una fuerte impronta ecuménica. Surge por iniciativa de Yvonne van Berchem de Galland, inspirada por centros reconocidos en Europa, como los de las comunidades de Taizé y de Grandchamp, para lo que compromete a diferentes iglesias e instituciones evangélicas. El nombre es un homenaje a Emmanuel Galland – esposo de Yvonne – quien dedicó su vida al trabajo ecuménico en Sudamérica. En 1987 se adquiere la chacra circundante, lo que da inicio a la producción agroecológica a través de una Granja Mostrativa, reconocida particularmente por sus quesos y dulce de leche. Desde entonces, el Centro Emmanuel abre sus puertas al diálogo con las necesidades y desafíos de su tiempo: el compromiso con cuestiones sociales, ambientales y de desarrollo local, renovando la reflexión teológica y alimentando una espiritualidad vinculada a la tierra y a la comprensión de la diversidad de la vida desde una mirada integradora, en consonancia con el postulado cristiano del cuidado de la Creación.